При использовании include файла с кодировкой UTF-8 может возникать одна очень неприятная вещь – непонятные пустые строки, которых быть не должно. Это не css-отступы и в Source code вы не увидите ничего, кроме пустых строк, которые вроде бы должны просто пропускаться браузером.
На самом деле UTF-8 вставляет подпись, которая некорректно обрабатывается.
На этом скрине показано, как должны быть выставлены настройки (пример из Adobe DreamWeaver). Unicode Signature должна быть отключена:

Простой Notepad не дает подробных настроек изменения кодировки, потому придется использовать более серьезные программы (Notepad++, к примеру).
Из-за этих излишних символов в начале страницы может отказаться работать <DOCTYPE> и, как результат, в некоторых браузерах страница просто развалится.
Статья, которая помогла: здесь (решение «ручками» с помощью cmd.exe)